明智和小林成功解决了帕诺拉马岛的二十面相事件，成功将二十面相捉拿归案。另一方面，在日渐严峻、以法律漏洞而逃脱的罪犯再次犯罪的社会，加贺美已经渐渐的失去当初所奋斗的希望，不过在妹妹的鼓励下，露出了少见的微笑；但……噩梦也到来了，因拘捕过一位涉嫌伤害致死的罪犯——须永，被罪犯记恨。
该罪犯在杀害一名职员后逃出精神病院，将自己唯一的亲人——妹妹……被做成了芋虫，双手、双脚被砍断，眼瞳被挖出，穿着自己设计、被哥哥自豪不已的时装，脖颈上被绳索狠狠的缠绕着，挂在夜晚的大厦中……绝望般得知了妹妹的死讯，痛泣着、愤怒着、加贺美戴上了二十面相的面具……最后逮捕的时候，加贺美告诉明智，二十面相是不会死的……
怪人二十面相接连出现，即使真正的二十面相加贺美警官已经被抓，但不满社会政府决策的人们还是陆续挑战继承怪人二十面相的意志。明智和浪越创作了一个公式：暗黑星，世间万物都包含在这公式中，犹如蝴蝶效应一般，这个公式能把事物的起因结果精准的联系在一起。但是这个公式却被浪越利用，创造出了一个又一个怪人二十面相。